中小企业电子商务取得了长足发展，《2005-2006年中国中小企业电子商务应用研究年度报告》报告显示：中国中小企业数量众多，适应性强，2005年中小企业电子商务交易额达到2766亿元，同比增长56.7%，已经占据中国电子商务市场交易额的38%左右。
但仍然存在很多问题：
l、竞争意识不强，思想认识模糊。绝大多数企业还把竞争焦点定位于实体市场，没有充分认识到知识经济时代抢占网络信息虚拟市场的必要性和紧迫性。即使已经进行电子商务的中小企业，也并未真正认识电子商务；
2．上网企业数量少，分布不均匀。全国560万家企业（合乡镇企业）中、上网企业所占比例不足1．5％，并且集中分布在北京、广州、上海等几个大城市。中小企业上网少，浏览客户就少，网络给企业创造的效益就减缓，从而形成恶性循环。
3、企业本身信息化建没力不从心。大多数中小企业计算机和网络基础设施薄弱,没有自己的相关专业人才，一些中小型企业根本无力自行开发电子商务系统,单纯依靠专业网络公司,所以企业当前的信息化程度还处在一个高期望,低水平的状态，多数中小企业尚未认识到电子商务能给他们带来比大企业更为有利的机遇。
4、政策法规不够完善。电子商务是一项复杂的系统工程。它不仅涉及参加交易的双方,而且涉及不同地区及不同国家的工商管理、海关、保险、税收、银行等部门。这就需要有统一的法律和政策框架以及强有力的跨地区、跨部门的综合协调机构。
虽然,近年来我国已经出台了一些有关法规,但总体来看,还是很不健全的,尤其是在跨国家,跨地区、跨部门协调方面存在不少问题。以上这些不利因素,不容忽视。克服不利因素,发展优势,是我国目前电子商务上规模、求发展的唯一途径。
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